在有絲分裂完成之后, 大多數高度壓縮的染色體要轉變成間期的松散狀態。但是,大約有百分之十的染色質在整個間期仍然保持壓縮狀態,將這種染色質稱為異染色質。異染色質在分裂期和間期的著色力相同。當用[3H]標記的尿嘧啶作為細胞合成RNA的前體,然后進行細胞固定、切片和放射自顯影分析, 發現異染色質不能被標記, 表明它們可能沒有轉錄活性。不過, 有證據表明某些基因位于異染色質區。另外,也并非所有無活性的基因和不轉錄的DNA區, 都是異染色質區。