染色體中連接兩個染色單體, 并將染色單體分為兩臂: 短臂(p)和長臂(q)的部位。由于此部位的染色質較細、內縊, 又叫主縊痕(primary constriction)。此處DNA具高度重復, 為堿性染料所深染。著絲粒有兩個基本的功能∶在有絲分裂前將兩條姐妹染色單體結合在一起，第二個功能為動粒裝配提供結合位點。著絲粒含有結構性異染色質, 人的染色體著絲粒含有大約170堿基對的重復DNA(稱為α衛星DNA), 隨機重復的次數達2,000到30,000次。