按養分組成劃分，大致可分為：

• 單質微肥。這類肥料一般只含一種為作物所需要的微量元素，如硫酸鋅、硫酸亞鐵即屬此類。這類肥料多數易溶于水。故施用方便，可作基肥、種肥、追肥。
  
• 復合微肥。這一類肥料多在制造肥料時加入一種或多種微量元素而制成，它包括大量元素與微量元素以及微量元素與微量元素之間的復合。例如，磷酸銨鋅、磷酸銨錳等。這類肥料，一次施用同時補給幾種養分，比較省工，但難以做到因地制宜。
• 混合微肥。這類肥料是在制造或施用時，將各種單質肥料按其需要混合而成。其優點是組成靈活。

按微肥化合物類型，大致可分為：

• 易溶性無機鹽。這類肥多數為硫酸鹽。
• 難溶性無機鹽。多數為磷酸鹽、碳酸鹽類，也有部分為氧化物和硫化物。例如，磷酸銨鋅、氯化鋅等。適于做基肥。
• 玻璃肥料。多數為含有微量元素的硅酸鹽粉末，經高溫燒結或溶融為玻璃狀的物質，如冶煉廠的爐渣等，一般只能做底肥。
• 螯合物肥料。是天然或人工合成的具有螯合作用的化合物，與微量元素螯合而成的螯合物，如螯合鋅等。
• 含微量元素的工業廢渣。