1.非特異性擴增帶

PCR擴增后出現的條帶與預計的大小不一致，或大或小，或者同時出現特異性擴增帶與非特異性擴增帶。非特異性條帶的出現，其原因：

一是引物與靶序列不完全互補、或引物聚合形成二聚體。

二是Mg²⁺離子濃度過高、退火溫度過低，及PCR循環次數過多有關。其次是酶的質和量，往往一些來源的酶易出現非特異條帶而另一來源的酶則不出現，酶量過多有時也會出現非特異性擴增。

其對策有：必要時重新設計引物。減低酶量或調換另一來源的酶。降低引物量，適當增加模板量，減少循環次數。適當提高退火溫度或采用二溫度點法(93℃變性，65℃左右退火與延伸)。

2.片狀拖帶或涂抹帶

PCR擴增有時出現涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。

其原因往往由于

（1）酶量過多或酶的質量差

（2）dNTP濃度過高

（3）Mg²⁺濃度過高

（4）退火溫度過低

（5）循環次數過多

其對策有：

（1）減少酶量，或調換另一來源的酶

（2）減少dNTP的濃度

（3）適當降低Mg²⁺濃度

（4）增加模板量

（5）減少循環次數