膠原蛋白的純化工藝應根據表達系統和應用需求選擇。若在構建時設計了標簽，可采用親和層析進行高效純化；若無標簽，則可根據膠原蛋白與雜蛋白的電荷、疏水性及分子大小等差異，選擇離子交換層析、疏水層析、凝膠過濾層析等方式，或通過復合模式層析進一步提高純度。這些方法可靈活調整，以滿足不同的應用和純度需求。

親和層析是一種基于特異性結合的分離方法，常用于重組膠原蛋白的初步純化。通過在表達的膠原蛋白中插入標簽，如His標簽，對目標蛋白進行特異性結合捕獲。

Ni²⁺對His標簽具有特異性親和，可以使用博格隆Ni Bestarose FF或Ni Bestarose HP等已鰲合金屬離子的親和填料進行捕獲，通常一步可達到80%以上的純度，雜質去除效果好。隨后，再使用分子篩進行精純以及濃縮換液，得到膠原蛋白原液。