孵坊是苗禽集散地，又是導致禽病傳播的場所。為有效的防止孵化期間的感染，防止禽病擴散蔓延，提高出雛率和苗禽成活率，孵坊的防疫工作尤為重要。筆者認為應做到如下幾點：

一、合法經營。開辦孵坊首先要取得動物防疫合格證和生產許可證或營業執照方可孵化。

二、精選種蛋。種蛋新鮮、清潔，來自非疫區、健康無病的種禽場（戶）的種禽群。凡患過傳染病的種禽一律淘汰，不作種用，所產的蛋不能入孵。同時建立種蛋供應卡，了解種禽防疫及疫情動態和種蛋出雛率、苗禽成活率，孵坊對供應種蛋的種禽場（戶）進行登記，并定期進行種禽健康檢查，發現疫情停止收購種蛋。

三、種蛋及孵化用具消毒。自產種蛋入孵前消毒，收購的種蛋，邊收購邊初步消毒，入孵前再正式消毒（每立方米按福爾馬林30毫升，高錳酸鉀15克比例熏蒸消毒）。

孵化室、孵化機（箱、炕）、出雛機（攤床）、裝雛筐及一切孵化用具，入孵前徹底消毒。平時全進全出的孵化機、攤床，每出1批消毒1次（消毒藥可用0.2%過氧乙酸、0.1%消毒靈等），分批炕孵的，按衛生制度每月至少用0.1%過氧乙酸或0.1%新潔爾滅消毒3-4次。

四、人員消毒和管理。工作人員上下班在更衣室更衣戴帽換鞋，洗手消毒。在廠大門、孵化室、出雛室門口，設消毒池與門同寬，內放塑料泡沫或麻袋，經常更換消毒液。

五、苗禽免疫接種。苗雞24小時內接種雞馬立克苗。為提高農村散養雞新城疫防疫密度，開展孵坊1日齡雞新城疫Ⅱ系苗點眼、滴鼻或氣霧免疫。小鵝瘟疫區，種鵝未注小鵝瘟苗的，新孵的雛鵝于24小時內注射抗小鵝瘟血清。

六、凈化孵育環境。保持孵化室、出雛室內外整齊清潔、無污染、無塵土，每日噴灑后清掃，有條件的廠可增設空氣吸塵器。死胚、死雛、蛋殼及時清除、無害化處理。病雛淘汰處理，墊草每炕換1次，焚燒處理，不能連續使用。

七、外地引種。須經當地縣以上畜牧行政管理部門批準后，方可外購。所購的種蛋須持有產地檢疫證，登記造冊，單獨孵化，定點飼養，以防疫病傳入。