防護一：防霉變關鍵是控制種子本身所含的水分。禾谷類作物種子含水量為12%～13%，油料作物種子為8%～9%，若含水量過高，則易發生霉變，尤其是花生、大豆、玉米等含油脂和淀粉較多的作物種子，更應注意。

防護二：防污染種子貯藏要徹底清除作物莖葉、雜草、砂子、土粒等雜物，并對貯藏室以及貯藏用具進行嚴格的消毒，以免種子在貯藏過程中受到污染。

防護三、防高溫溫度過高，種子呼吸作用旺盛，會過多消耗自身貯存的營養，降低發芽率，因此要求貯藏種子的環境溫度最好在10℃左右，切忌把種子放在火爐較近的地方。

防護四：防腐蝕種子不能與農藥、化肥等同室存放，因許多農藥和化肥具有較強的揮發性，揮發出的氣體對種子細胞和種胚危害極大。

防護五：防窒息種子不能用塑料袋貯存，因塑料袋不透氣，種子在袋內被迫進行無氧呼吸，產生酒精和有機酸等有毒物質，殺死種胚，使種子失去發芽能力，同時還引起霉變。

防護六：防混雜不少作物的種子與一般食用糧食不易區分，稍不注意就會造成種、糧混雜，很容易將種子當糧食吃掉，會造成很大的浪費；也很容易把糧食當種子播種，引起嚴重減產。

防護七、防熏煙種子較長時間受到煙氣熏蒸，會降低種子活性，削弱發芽率。因此煙氣（尤其是煤煙氣，柴草煙氣）較大的房間（例如廚房）不能存放種子，貯藏室也不宜靠近廚房。

防護八：防蟲鼠害蟲和老鼠不僅直接吃掉種子，而且還會污染種子，使種子變質，降低發芽率。因此，要采取措施消滅害蟲和老鼠。