根系吸收水分和養分需要能量，土壤水分過多使根系周圍缺氧，只能進行無氧呼吸，能量轉換效率降低，不能提供足夠的能量供給根系吸收水肥的需要。因此，玉米受澇時根系吸收的水分很少，在晴天中午前后，葉片發生萎蔫，光合作用減弱，制造的有機物質減少。另一方面，根系吸收的營養物質也因能量供應不足而大大減少。這就使玉米的生長缺少必要的物質基礎，表現為生長緩慢，植株軟弱。

2.葉片發黃，莖稈變紅

玉米的氮素營養主要來源于溶解在水中的硝態氮和銨態氮及有機質中的有機氮。當受澇時，前者一部分被流失，另一部分會經反硝化作用而還原為氣態氮而跑到大氣中去。另一方面，由于缺乏氧氣，土壤中好氣性微生物無法分解有機物質，所以有機質中的氮素也就不能轉化為根系可吸收的速效氮。由于這兩方面的原因，受澇地塊土壤中速效氮含量很低，玉米由于吸收不到足夠的氮素，葉片變黃。為了增強對這種不利環境的抵抗能力，莖稈中的葉綠素轉變成花青素，呈現紫紅色。

3.根系發黑、腐爛

在受澇土壤中，由于缺乏氧氣，嫌氣性微生物活動加強，有機質發酵分解，大量積累二氧化碳，會使根系細胞受害。同時土壤氧化還原電勢下降，有害的還原物質硫化氫、氧化亞鐵等大量出現，都會使根系受害。受害比較輕的表現為部分根系變黑，重的全部變黑、霉爛，以至整個植株死亡。

澇害常與寡照同時發生，低溫、寡照與澇害相結合，對玉米危害比較重，并且常常誘發病害蔓延，使玉米減產。

農田積水，但天氣晴朗，太陽輻射強烈，溫度劇烈上升時，蒸騰加強，葉片很快發生萎蔫；土壤中嫌氣性微生物活動加劇，根系受害加重，所以高溫強光的澇害對玉米的危害比較嚴重。

不同品種和不同生育階段抗澇能力不同。苗期抗澇能力弱，廣東春種玉米是春季播種，苗期正值陰雨連綿季節和夏種玉米苗期常遭遇持續大雨至暴雨，故常常發生澇害和濕害。據研究，七葉前土壤含水量達到田間持水量的90%(相當于壤質土的土壤濕度23%)時，玉米開始受害。土壤水分處于飽和狀態時，玉米根系受到嚴重損傷，生長停止。土壤積水，根系腐爛，地上部變紅，下部葉片枯死，時間過長則全株死亡。拔節后抗澇能力逐漸增強。抽雄前后抗澇能力進一步增強，這時近地面的莖節上長出幾層氣生根，有很好的抗澇作用。據有關部門試驗，抽雄前淹水三天，氣生根很快噴出，平均每株氣生根增加27.5m，植株基本無受澇癥狀。成熟期根系衰老，抗澇能力降低。