微生物（Microorganism, microbe）一詞并非生物分類學上的專門名詞，而是指大量的、極其多樣的、不借助顯微鏡看不見的微小生物類群的總稱。因此，微生物通常包括病毒、細菌、真菌、原生動物和某些藻類，它們的大小和特征見表1-1。
表1-1.微生物形態、大小和細胞類型 
微生物    大小近似值     細胞特征
病毒    0.01～0.25μm    非細胞的
細菌      0.1～10μm     原核生物
真菌        2μm～1m     真核生物 
原生動物   2～1000μm    真核生物
藻類       1μm～幾米    真核生物
    但是有些例外。如許多真菌子實體、蘑菇等常肉眼可見；相同的，某些藻類能生長幾米長。一般來說，微生物可以認為是相當簡單的生物，大多數的細菌、原生動物、某些藻類和真菌是單細胞的微生物，即使為多細胞的微生物，也沒有許多的細胞類型。病毒甚至沒有細胞，只有蛋白質外殼包圍著的遺傳物質，且不能獨立生活。

1.2 微生物在生物分類中的地位
    在生物發展的歷史上，曾把所有的生物分為動物界和植物界兩大類。而微生物，不僅形體微小、結構簡單，而且它們中間有些類型像動物，有些類型像植物，還有些類型既有動物的某些特征，又具有植物的某些特征，因而歸于動物或植物都不合適。于是，1866年海克爾（Haeckel）提出區別動物界與植物界的第三界——原生生物界。它包括藻類、原生動物、真菌和細菌。
    隨著科學的發展，新技術和研究方法的應用，尤其是電子顯微鏡和超顯微結構研究技術的應用，發現了生物的細胞核有兩種類型，一種是沒有真正的核結構，稱為原核，其細胞不具核膜，只有一團裸露的核物質；另一種是由核膜、核仁及染色體組成的真正的核結構稱為真核。動物界、植物界及原生生物界中的大部分藻類、原生動物和真菌是真核生物，而細菌、藍細菌則是原核生物。真核生物和原核生物不僅細胞核的結構不同，而且其性狀也有差別，真核生物和原核生物性狀的比較內容將在第二章詳細介紹。
    根據核結構的不同，1969年魏塔科（Whittaker）提出五界系統，即動物界、植物界、原生生物界、真菌界和原核生物界。五界系統的生物都有細胞結構。病毒作為一界被提出的較晚，主要原因是 ①病毒和類病毒是生物還是非生物，是原始類型還是次生類型是長期爭論未決的問題；②病毒不是用雙命法，分類不用階元系統。但經過長期研究發現，病毒和細胞型生物是有共同特性：①遺傳物質是DNA（部分病毒是RNA）；②使用共同的遺傳密碼。在此基礎上，我國學者于1979年提出將無細胞結構病毒立為病毒界，從而建立了六界系統。
細胞型生物
動物界（Animalia）
植物界（Plantae）
原生生物界（Protista）：原生動物、大部分藻類及粘菌
真菌界（Fungi）：酵母、霉菌
原核生物界（Procaryotae）：細菌、放線菌、藍細菌等
非細胞型生物：病毒界（Vira）