DNA芯片技術是利用核酸雜交原理檢測未知分子。它是由核酸片段如一系列用特定熒光標記的寡核苷酸探針，以預先設計排列方式固定在載玻片或尼龍膜上組成生物集成膜片，與不同標記的游離靶分子（DNA 或RNA）雜交，或生物集成膜片上的不同靶分子與游離的探針雜交，然后應用熒光信號檢測器及處理器根據雜交分子或未雜交分子所發出的不同波長的光檢測雜交信號。如完全雜交則發出強的熒光信號或特殊波長信號，不完全雜交信號較弱，若不能雜交則檢測不到熒光信號或只檢測到芯片上原有熒光信號。這些不同區域的熒光信號在芯片上組成熒光分布譜型，可被激光共聚焦顯微鏡激發和檢測，經電腦軟件處理檢出DNA的序列及其變化。例如斯坦福大學從外周血淋巴細胞cDNA文庫中用PCR法擴增插入基因，得到1046種未知序列擴增產物，將這些擴增產物作為靶DNA點樣到經包被的玻片上，制成DNA芯片，經SDS、NaBH4等處理，95℃熱變性后分別與熱擊T細胞及未處理T細胞的cDNA雜交，經激光共聚焦掃描系統分析，共發現17個差異表達的基因，其中11個是被熱誘導的，其余6個是被熱擊抑制的，經序列分析表明其中3個為未發現的新基因。植物上最近已有應用cDNA芯片對草莓、矮牽牛進行基因表達的檢測。
　　DNA芯片技術在發現新基因及分析各個基因在不同時空表達方面是一項十分有用的技術，已有學者對其在農業上的應用作了展望，如應用DNA芯片技術有望更深入地了解植物生長發育的內在機制、植物生長激素的作用機制、轉基因工程株的實驗室快速分析、了解小分子對基因表達的影響及加速DNA多態性的檢測等。