在物質代謝過程中，從開始物質A到最終產物X變化中間產生的物質，稱為代謝中間產物。如以模式圖表示則為：

（2）

A→B→C→D→……→X

　　式中的B、C、D……等都是中間產物。代謝中間產物一般在代謝進行中，多半是達不到能夠容易察覺的濃度（或者數量），但當某一階段[例如模式圖中的（2）]代謝的速度比其他階段特別慢時，就會引起其前一個代謝中間產物（此時為B）的積累，如果給予適當的反應條件，進行適當的預處理或者使用特異的毒物，同樣也會強烈地阻礙某一反應階段的進行。根據同一原理，在從天然的或者人工的變異株、疾病、器官除掉、營養缺乏、或服藥時所表現的異常代謝的研究中，常可發現許多正常代謝中間產物系列存在的例子。如果進一步直接追蹤和證實代謝中間產物的變化，可用“同位素”進行試驗。