同源染色體上占有同一基因座的兩個以上的等位基因。在二倍體生物的個體中，每一基因座上只有兩個等位基因。但在生物群體中，等位基因的成員可以在兩個以上，甚至多到幾十個。這樣，在同一基因座上的許多不同的等位基因就構成了一組復等位基因，其作用相似，都影響同一器官或組織的形狀和性質。復等位基因來源于某基因座上某個野生型等位基因的不同方向的突變。通常用1個英文字母作為該基因座的基本符號，不同的等位基因就在字母的右上方作不同的標記，字母的大、小寫則表示該基因的顯隱性。現假定群體某基因座上有n個復等位基因，則有n（n 1）/2種不同的基就是由于3個等位基因組成的一組復等位基因（I^A、I^B、i）決定的，對于每個人，只能有其中的兩個基因。基因I^A、I^B、i分別決定A、B、O血型，這里I^A和I^B都對i為顯性，I^A和I^B為共顯性，i為隱性基因。這樣，基因型I^AI^A、I^Ai為A血型，而I^BI^B、I^Bi為B血型，I^AI^B為AB血型，ii為O血型，因此人群有6種基因型和4種表現型。復等位基因廣泛存在于各種生物中，如亞洲瓢蟲的鞘翅色斑遺傳至少有19個復等位基因控制，煙草的自交不育由15個復等位基因控制等等。復等位基因的遺傳方式遵循孟德爾規律。