互補雜交要根據探針的類型、長度以及研究目的來選擇優化雜交條件。如用于基因表達檢測，雜交時需要高鹽濃度、樣品濃度高、低溫和長時間(往往要求過夜)，但嚴謹性要求則比較低，這有利于增加檢測的特異性和低拷貝基因檢測的靈敏度；若用于突變檢測，要鑒別出單堿基錯配，需要故需要在短時間內(幾小時)、低鹽、高溫條件下高嚴謹性雜交。多態性分析或者基因測序時，每個核苷酸或突變位都必須檢測出來，通常設計出一套四種寡聚核酸，在靶序列上跨越每個位點，只在中央位點堿基有所不同，根據每套探針在某一特點位點的雜交嚴謹程度，即可測定出該堿基的種類。
雜交反應還必須考慮雜交反應體系中鹽濃度、探針GC含量和所帶電荷、探針與芯片之間連接臂的長度及種類、檢測基因的二級結構的影響。有資料顯示探針和芯片之間適當長度的連接臂可使雜交效率提高150倍。連接臂上任何正或負電荷都將減少雜交效率。由于探針和檢測基因均帶負電荷，因此影響他們之間的雜交結合，為此德國癌癥研究院的Jorg Hoheisel等提出用不帶電荷的肽核酸（PNA）做探針效果更好。雖然PNA的制備比較復雜，但與DNA探針比較有許多特點，如不需要鹽離子，因此可防止檢測基因二級結構的形成及自身復性。由于PNA-DNA結合更加穩定和特異，因此更有利于單堿基錯配基因的檢測。我們在這里簡單介紹一些常用雜交試劑和消耗品
對于商品化的芯片和Array類產品，通常都有配套的雜交試劑以方便使用。例如：
1. Clontech公司的Altas Glass Microarrays，產品已經包含GlassHyb Hybridization Solution和GlassHyb Wash Solution，能有效縮短雜交時間，提高信噪比。同時還提供了方便使用的Altas Glass Hybridization Chamber，旋蓋式的設計和1.8ml的容積，避免了傳統coverslip式雜交盒的弊端。可以單獨購買。
7899-1 Altas Glass Hybridization Chamber each
8016-1 GlassHyb Hybridization Solution 50ml
2. Clontech ExpressHyb Hybridization Solution快速雜交液能有效加快雜交速度，減少雜交時間，同時提高靈敏度。適用于各種基于膜的核酸雜交反應，如cDNA Array、Southern、Northern、菌落原位雜交，特別是Clontech公司的Altas系列、MTN系列、MTE系列的各種膜基質的Macroarray。在 這些系列的產品中均配有快速雜交液樣品。由于膜可以反復使用，通常需要另外購買快速雜交液。
8015-1 ExpressHyb Hybridization Solution 250ml
8015-2 ExpressHyb Hybridization Solution 500ml
3. 對于自己制作的芯片，可以自行配置雜交緩沖液，也可以參考Ambion公司提供的幾種Glass Array 雜交緩沖液。SlideHyb Glass Array Hybridization Survey Kit是專為玻片或者尼龍膜基質的玻片DNA Array優化雜交條件而設計的。由于芯片的雜交條件受多種因素的影響，Ambion認為很難找到一種適用于所有芯片的雜交緩沖液。在這個試劑盒中提供了4種嚴謹程度不同的雜交液，供不同的需要。1號緩沖液的雜交條件是最嚴謹的，背景最低，2、3號的靈敏度相應提高而背景也相應升高，4號緩沖液沒有去垢劑。這些雜交液可以單獨購買，連預先配好的SDS、SSC等常用緩沖液都可以在Ambion買到。畢竟在芯片這樣精密的實驗中，在這么小的一個點上的DNA的量是非常有限的，要得到理想的結果需要非常精確的反應條件。Ambion 同樣提供芯片雜交盒，抗化學腐蝕，耐70度高溫，一次可放三張片。
Cat.No. Product Name Size
1860 SlideHyb™GlassArray Hybridization Survey Kit 100rxns
8861 SlideHyb™ Glass Array Hybridization Buffer#1 5 x 2 ml
8862 SlideHyb™ Glass Array Hybridization Buffer #2 5 x 2 ml
8863 SlideHyb™ Glass Array Hybridization Buffer #3 5 x 2 ml
8864 SlideHyb™ Glass Array Hybridization Buffer #4 5 x 2 ml
10040 Glass Array Hybridization Cassette 1 each
4. Ambion同樣提供適用于各種核酸膜雜交的雜交液和Wash Buffer，精心優化的反應條件有效提高雜交靈敏度和降低背景，已經經過ULTRArray (Ambion), Atlas(Clontech)，LifeGrid (Incyte Genomics), GeneFilter (Research Genetics), and Panorama (Sigma-Genosys) arrays等產品驗證。
Cat# ProductName Size
7118 Yeast RNA 10 x 10 mg/ml
8665 ULTRArray™ Hybridization Buffer 225 ml
8666 ULTRArray™ Hybridization Buffer 500 ml
8667 ULTRArray™ Low Stringency Wash Buffer 1 L
8668 ULTRArray™ High Stringency Wash Buffer 1 L
9680 Salmon Sperm DNA (sheared) 10x10 mg/ml
9763 20X SSC 1 L
9765 20X SSC 4 x 1 L
9780 RNaseZap™ 250 ml
