PCR是非常直接、簡單又具有強大威力的技術。誠如一位當年參與PCR誕生的資深研究員Henry Erlich所言”在分子生物學的領域中，只要擁有它，你便可以無照營業”(PCR allows people to practice molecular biology without a liscence)。也因此，活用及慎用PCR是確保一定品質的必要條件。PCR本身雖然是一個單純的實驗技術，但是一個好的PCR反應及其產物則是受到很多因素的影響。這些因素色括反應中各種原料的濃度 (Taq. Polymerase, primers, dNTPs, MgCl2…)，也包括整個反應中各步驟的溫度與時間的設定。當然DNA模板(Template) 與 引物 (Primers) 本身條件也占有一定的重要性。近來的觀念中，共溶劑諸如 Dimethyl sulfoxide (DSMO)、glycerol、Foramide and Tetramethylammonium chloride (TMAC) 也對整個反應產生若干重要的影響。