遺傳密碼子具有以下基本特點：
1）每個密碼子三聯體(triplet)決定一種氨基酸；
2)兩種密碼子之間無任何核苷酸或其它成分加以分離，即密碼子無逗號;
3)密碼子具有方向性，例如AUC是Ile的密碼子，A為5'端堿基，C為3'端堿基。因此密碼也具有方向性，即mRNA從5'端到3'端的核苷酸排列順序就決定了多肽鏈中從N端到C端的氨基酸排列順序;
4)密碼子有簡并性(degeneracy)一種氨基酸有幾個密碼子，或者幾個密碼子代表一種氨基酸的現象稱為密碼子的簡并性。除了Met和Trp只有一個密碼子外，其它氨基酸均有二個以上密碼子，例如Arg有6個密碼子。
5)共有64個密碼子，其中AUG不僅是Met或者fMet(在原核細胞)的密碼子，也是肽鏈合成的起始信號，故稱AUG為起始密碼子。UAA、UAG和UGA為終止密碼子，不代表任何氨基酸，也稱為無意義密碼子。
6)密碼子有通用性，即不論是病毒、原核生物還是真核生物密碼子的含義都是相同的。但真核細胞線粒體mRNA中的密碼子與胞漿中mRNA的密碼子有以下三點不同:一是線粒體中UGA不代表終止密碼子，而是編碼Trp;二是肽鏈內的Mer由AUG和AUA二個密碼子編碼，起始部位的Met由AUG、AUA、AUU和AGG均為密碼;三是AGA和AGG不是Arg的密碼子，而是終止密碼子，即UAA、UAG、AGA和AGG均為終止密碼子。
密碼子結構與氨基酸側鏈極性之間有一定關系.
1)氨基酸側鏈極性性質在多數情況下由密碼子的第二個堿基決定。第二個堿基為嘧啶(Y)時，氨基酸側鏈為非極性，第二個堿基為嘌呤(P)時，氨基酸側鏈側有極性.
2)當第一個堿基為U或A，第二個堿基為C，第三個堿基無特異性時，所決定的氨基酸側鏈為極性不帶電;
3)當第一個堿基不是U，第二個堿基是G時，氨基酸側鏈則帶電。在此前提下，若第一個是C或A時，表示帶正電的氨基酸;第一、第二個堿基分別是G、A時，此種氨基酸帶負電。但上述關系也有個別例外。
