TRANSFAC數據庫是關于轉錄因子、它們在基因組上的結合位點和與DNA結合的profiles的數據庫。由SITE、GENE、FACTOR、CLASS、MATRIX、CELLS、METHOD和REFERENCE等數據表構成。此外，還有幾個與TRANSFAC密切相關的擴展庫：PATHODB庫收集了可能導致病態的突變的轉錄因子和結合位點；S/MART DB收集了與染色體結構變化相關的蛋白因子和位點的信息；TRANSPATH庫用于描述與轉錄因子調控相關的信號傳遞的網絡；CYTOMER庫表現了人類轉錄因子在各個器官、細胞類型、生理系統和發育時期的表達狀況。TRANSFAC及其相關數據庫可以免費下載，也可以通過Web進行檢索和查詢。