水體中的病原微生物常因數量較少而難以檢出，即使檢出結果為陰性，也不能保證無病原微生物存在；同時檢出手續也很復雜。所以，在實際工作中常借用檢查水體中有無“指示菌”存在及其數量多少來判定水質是否被污染。這在水的衛生學檢查方面有較重要的意義。一般將大腸菌群、糞鏈球菌、產氣莢膜桿菌、銅綠假單胞菌、金黃色葡萄球菌等作為糞便污染指示菌，其中以大腸菌群指數（亦稱大腸桿菌指數）最常使用。大腸菌群指數（coli-index）指1升水中含有的大腸菌群數。大腸菌群是一群以大腸埃希氏菌為主的需氧及兼性厭氧，革蘭氏陰性，無芽孢桿菌，能在48小時內發酵乳糖并產酸產氣。檢測中規定生活飲用水的水質標準為1升水中大腸菌群不得超過3個，即大腸菌群指數不得大于3。也可用“大腸菌群值”來表示。即以水樣中可檢出1個大腸菌群數的最小毫升數表示，兩者的關系是：大腸菌群值=1000/大腸菌群指數。大腸菌指數常用于飲用水、食品、飲料等的衛生檢測中。