微生物是指一切肉眼看不到或看不清楚，因而需要借助顯微鏡觀察的微小生物。微生物包括原核微生物（如細菌）、真核微生物（如真菌、藻類和原蟲）和無細胞生物（如病毒）三類。

微生物最大的特點，不但在于體積微小，而且在結構上亦相當簡單。由于微生物體積極之微小，故相對面積較大，物質吸收快，轉化快。微生物在生長與繁殖上亦是很迅速的，而且適應性強。從寒冷的冰川到及酷熱的溫泉，從極高的山頂到極深的海底，微生物都能夠生存。

由于微生物適應性強，又容易在較短時間內積聚非常多的個體（例如10^10個/毫升的數量級），因此容易篩選并分離到突變株。容易得到微生物突變株的性質，給人類利用與開發微生物帶來廣闊契機，但也是導致抗藥性的內在原因。