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與其他認證制度相比，食品農(nóng)產(chǎn)品認證的特點主要體現(xiàn)在以下幾點：
1．從監(jiān)管涉及范圍和數(shù)量來看，食品農(nóng)產(chǎn)品認證種類多，數(shù)量大，涉及領域廣。目前食品農(nóng)產(chǎn)品認證制度數(shù)量達到10 種，認證證書數(shù)量也超過了7 萬張，涉及領域涵蓋了生產(chǎn)、加工、流通、外貿(mào)等領域。食品農(nóng)產(chǎn)品認證企業(yè)分布分散，多位于郊區(qū)、邊遠地區(qū)，交通不便。
2．從食品農(nóng)產(chǎn)品認證發(fā)揮的作用來看，能為食品安全保障、環(huán)境保護、三農(nóng)問題的解決提供有力支持，在這些工作中也發(fā)揮了重要作用。
3. 從國家重視情況看，黨中央國務院對食品農(nóng)產(chǎn)品認證發(fā)展非常重視，十七屆三中全會報告中專門提出要支持發(fā)展有機農(nóng)業(yè)，近年國務院1 號文件中也多次提到了要大力發(fā)展無公害、綠色、有機、GAP 等認證；國務院各個部門對食品農(nóng)產(chǎn)品認證發(fā)展非常重視，從不同角度提出了促進促進發(fā)展的措施，列入了本部門的發(fā)展規(guī)劃、十一五、十二五規(guī)劃等。
4. 從監(jiān)管難度來看，地方兩局普遍缺乏專業(yè)技術人員，同時監(jiān)管活動還涉及工商、農(nóng)業(yè)等部門，需要溝通、協(xié)調的事務很多。食品農(nóng)產(chǎn)品的流動性也為監(jiān)管帶來了困難，產(chǎn)品的銷售地與產(chǎn)地往往跨度很大，還有一些企業(yè)的基地分布在不同的地區(qū)和省份。
5. 從所負責任來看，《食品安全法》第75 條規(guī)定：“調查食品安全事故，除了查明事故單位的責任，還應當查明負有監(jiān)督管理和認證職責的監(jiān)督管理部門、認證機構的工作人員失職、瀆職情況”，對有效實施食品認證有效性監(jiān)管提出了更為嚴格和明確的要求。
