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根據《認證認可條例》第 55 條規定，各地質量技術監督部門和各直屬出入境檢驗檢疫機構作為地方認證監督管理部門對本轄區內認證活動實施監督管理。國家質檢總局《關于印發《關于進一步加強和改善認證行政執法工作的意見》的通知》（國質檢認聯【2007】146 號）、國家認監委《關于印發《關于進一步改進和深化認證監管執法工作的指導意見》的通知》（國認法［2008］14 號）也進一步明確：認監委和各級質檢部門是我國認證活動監管和執法主體，認監委履行全面組織、協調、督導全國認證監管執法工作職責；各直屬出入境檢驗檢疫局和各省、自治區、直轄市質量技術監督局（即各省級質檢部門）履行本轄區內認證監管執法工作的具體組織部署、協調指導、監督檢查以及違法案件督辦、查處職責。各省級質檢部門的職責是“按照總局、認監委和所在局認證監管工作目標，擬定本轄區認證監管規劃、計劃；制定本轄區認證監督檢查計劃并組織實施；推動認證制度在本轄區的實施；指導、協調本轄區認證監管工作；負責本轄區認證 市場和認證活動的監督管理工作。”
在執法依據方面，要首先收集認證認可通用的法律法規和規范性文件，包括《認證認證條例》、《認證咨詢機構管理辦法》、《認證證書和認證標志管理辦法》、《認證培訓機構管理辦法》、《認證及認證培訓、咨詢人員管理辦法》等，這些法規和規章適用于所有的食品農產品認證制度，對于特定認證制度，還要識別專門針對這種認證制度的規章、規則、規范性文件等，如《有機產品認證管理辦法》、《無公害農產品管理辦法》、《無公害農產品標志管理辦法》、《飼料產品認證管理辦法》等。除認證認可法律法規和規范性文件外，還要主動收集和整理與食品安全、產品質量相關的法律法規。如2009 年剛剛發布的《食品安全法》通過依法建立嚴格的食品安全管理制度,進一步明確了包括監管部門在內的食品鏈中各部門的職責。如第75 條規定調查食品安全事故，除了查明事故單位的責任，還應當查明負有監督管理和認證職責的監督管理部門、認證機構的工作人員失職、瀆職情況。（本手冊附錄中列出了部分相關法律法規名稱和條款）因此，要充分認識到肩負職能與責任，將食品農產品認證有效性監督檢查作為食品安全監督管理的重要組成內容，不斷提高認證監管工作的有效性。
