ISO14000認證同ISO9000認證一樣，都是組織的自愿行為，組織如果希望通過環境管理體系認證，就必須依據ISO14001的要求，建立起完整的用文件表述的環境管理體系，通過運行及內部評審，證明這個體系是符合標準要求的、有效的，便可向有資格的第三方認證機構提出申請，雙方如能達成協議，認證機構便會派審核員到現場審核，如能通過審核，認證機構便會組織頒布認證證書。
　　組織通過認證，獲得第三方認證機構頒發的證書，這就意味著組織取得了客觀證明，它向社會表明本組織兌現環境承諾和對環境因素的控制能力。從而通過第三方認證機構的證實，樹立起善待環境的企業形象。在綠色消費之風盛行，綠色貿易壁壘林立的形勢下，有了這張"綠色通行證"，對企業是很有意義的，它不僅是提高產品競爭力的有效途徑，有時甚至關系到企業的生死存亡。也正因為如此，許多有遠見的企業在ISO14000標準還處于草案階段，他們就根據得到的信息，做好了認證的準備工作，ISO14000標準一發布，他們便搶先通過認證，其發展速度超過了ISO9000認證。這種現象從另一個側面證明了ISO14000認證的重要性和緊迫性。

ISO14000標準與ISO9000標準的異同（見下表）：

ISO14000	ISO9000
環境方針	質量方針
組織結構和職責	職責與權限
人員環境培訓	人員質量培訓
環境信息交流	質量信息交流
環境文件控制	質量文件控制
應急準備和響應	（部分與消防安全的要求相同）
不符合、糾正和預防措施	不符合、糾正和預防措施
環境記錄	質量記錄
內部審核	內部審核
管理評審	管理評審

再次，兩套標準最大的區別在于面向的對象不同，ISO9000標準是對顧客承諾，ISO14000標準是對政府、社會和眾多相關方（包括股東、貸款方、保險公司等等）；ISO9000標準缺乏行之有效的外部監督機制，而實施ISO14000標準的同時，就要接受政府、執法當局、社會公眾和各相關方的監督。

最后，在體系中，兩套標準部分內容和體系的思路上有著質的不同，包括環境因素識別、重要環境因素評價與控制，適用環境法律、法規的識別、獲取、遵循狀況評價和跟蹤最新法規，環境目標指標方案的制定和實施完成，以期達到預防污染、節能降耗、提高資源能源利用率，最終達到環境行為的持續改進的目的。